武漢大學新聞網近日訊生命科學學院周宇教授和朱玉賢院士課題組在錦葵科植物功能基因組學數據庫建設方麵聯合取得的最新研究成果。該成果已經發表在國際知名期刊Nucleic Acids Research（《核酸研究》，影響因子11.147）上，獲得了國內(nei) 外生物學研究人員的廣泛關(guan) 注。

在植物基因研究中，所采用的培養(yang) 器皿需要使用純水進行衝(chong) 洗，水質中多餘(yu) 的雜質對實驗的影響非常大，一般都是采用純水機製取純水進行實驗。武漢大學各學院都擁有多台滲源純水機，因為(wei) 在武漢大學的研究院進行每一項課題研究都需要使用純水為(wei) 日常和設備的用水，不論是清洗器皿還是進入一些精密儀(yi) 器都需要優(you) 質的水質，不然很容易影響實驗數據和設備的使用壽命。

而真正到實驗台上，在進行日常的植物基因分析中，都需要使用超純水作為(wei) 細胞培養(yang) 液的基本組成物質，而這類實驗中，水質所含物質中真菌以及病毒等微生物都需要嚴(yan) 格控製，水中的礦物質也需要根據實驗需求進行管控，所以基因實驗基本都需要使用超純水機，而滲源就是武漢大學設備的優(you) 質提供廠家。

實驗內(nei) 容詳細解析：

論文題為(wei) “MaGenDB: a functional genomics hub for Malvaceae plants（MaGenDB：錦葵科植物功能基因組學集成數據庫）”。生命科學學院博士研究生王得和、樊偉(wei) 良和郭曉龍為(wei) 論文共同第一作者，周宇教授、朱玉賢院士和王坤副研究員為(wei) 論文的共同通訊作者。該工作得到了國家自然科學基金、科技部、武漢大學自主科研交叉學科等項目的資助。

錦葵科是植物界重要的一個(ge) 分支類群，包括許多重要的經濟作物，如種子和莖皮纖維來源的棉花和黃麻、製造可可粉和“巧克力糖”原料的可可、熱帶著名“水果之王”榴蓮、觀賞花卉植物木槿和優(you) 良木材來源的椴樹等。隨著全球越來越多錦葵科植物基因組的陸續解析，及相關(guan) 轉錄調控等高通量數據的積累，研究者迫切需要一個(ge) 能夠整合基因組、表觀修飾組、轉錄組和蛋白質組等多層次數據的比較工具，對植物特異科屬的特定生物學過程或基因家族的基因序列、結構、轉錄調控等進行比較分析。

為(wei) 此，周宇、朱玉賢、王坤等專(zhuan) 家合作共同構建了首個(ge) 錦葵科植物功能基因組學網站-MaGenDB (https://magen.whu.edu.cn)。截至目前，MaGenDB共收錄了錦葵科9個(ge) 屬共13個(ge) 物種的基因組以及相應的全基因組關(guan) 聯分析位點（GWAS）和單核苷酸變異位點（SNP）信息；收錄並處理了包括RNA-seq和蛋白質譜等在內(nei) 的9種共374套組學數據；預測鑒定出2485萬(wan) 個(ge) 不同類型的功能元件、2897萬(wan) 個(ge) 基因共線性關(guan) 係以及1.7億(yi) 個(ge) 蛋白-蛋白相互作用對。該數據庫獨立設計並開發出多種可視化組件與(yu) 基因組在線比較工具，並通過有效關(guan) 聯將不同類型的數據有機整合到了一起，為(wei) 用戶提供了友好的數據檢索、下載和在線分析服務。

該工作也是兩(liang) 個(ge) 研究團隊繼不久前剛剛在自然子刊Nature Communications（《自然•通訊》）合作發表有關(guan) 亞(ya) 洲棉的精細轉錄組圖譜工作之後，所取得的又一個(ge) 重要研究成果。

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