新冠病毒研究用水:測序儀對水質的要求有哪些

文章出處:網絡 人氣:發表時間:2021-11-04

基因測序技術是一種基因檢測技術,也被稱為(wei) DNA測序技術,是進行分子生物學研究和基因改造的基礎,也是解鎖人類生命奧秘的重要方式之一。基因測序技術發展了40餘(yu) 年,已在眾(zhong) 多領域被廣泛應用,包括生物的基因組圖譜繪製、物種進化演替過程、表觀遺傳(chuan) 學、疾病相關(guan) 基因的確定和診斷等等。

近年來,基因測序相關(guan) 產(chan) 品和技術由實驗室研究演變到臨(lin) 床使用,為(wei) 我們(men) 理解人類生物學特征和疾病,評估遺傳(chuan) 疾病提供了關(guan) 鍵性信息,所以說基因測序技術是下一個(ge) 改變世界的技術毫不為(wei) 過。

在新冠疫情期間,這項技術得到了更多人的關(guan) 注。疫情爆發初期,在不到一個(ge) 月的時間內(nei) ,通過基因測序技術,新冠病毒(COVID-19)的基因組序列被公布,為(wei) 分析武漢新型冠狀病毒的進化來源、致病機製提供了第一手資料。不少國家也發起了COVID-19患者基因測序計劃,以了解個(ge) 人基因對病毒感染反應的影響,這項研究的數據將為(wei) 患者護理及藥物處方提供信息,未來還可以幫助疫苗設計,從(cong) 而拯救更多生命。

整個(ge) 測序環節中,從(cong) 樣品收集到上機測序,水貫穿了包括測序儀(yi) 的日常清洗維護和試劑配製在內(nei) 的每一個(ge) 環節。作為(wei) 一個(ge) 必不可少的基礎試劑,水的品質對最終測序結果會(hui) 產(chan) 生顯著影響。水中的雜質,如無機鹽、有機物、核酸酶、顆粒物等,不僅(jin) 會(hui) 汙染設備,縮短測序儀(yi) 毛細管的使用壽命,而且還會(hui) 降低DNA聚合酶的活性,最終幹擾測序結果的準確性。

下麵這些基因測序經常遇到的問題很有可能是使用的水有問題,快來看看你有沒有中招…

Q1:DNA測序樣品用什麽(me) 溶劑溶解比較好?

溶解DNA測序樣品,使用超溶解更好。

原因: DNA的測序反應的原理其實就是Taq酶的聚合反應,需要一個(ge) 合適的酶反應條件。如果溶解DNA樣品的溶液含有過多的鹽,會(hui) 影響測序反應體(ti) 係,造成Taq酶的聚合性能下降,幹擾測序反應甚至無法產(chan) 生信號。

純水應用Tips: 超采用基因測序專(zhuan) 用超純化柱,科學配方填料的低鎂型純化柱,可以特異性去除水中的鎂離子,降低空白本底對測序反應體(ti) 係的影響。

Q2:測序結果怎麽(me) 沒有峰圖呢?

原因:模板被降解,罪魁禍首可能是測序使用的水中含有核酸酶。

純水應用Tips: 製備的需要帶有終端濾器,如滲源SYZ係列純水機帶有終端微濾,可以去除DNA酶和RNA酶。

Q3:為(wei) 什麽(me) 測序峰圖出現了“瀑布效應”?

“瀑布效應”是基線突然從(cong) 高處下降的現象。

原因:樣品被有機物汙染,有機物會(hui) 被激發產(chan) 生熒光,抬高基線。

純水應用Tips: 使用帶有TOC檢測係統的超純水機,如滲源SYZ-V、SYZ-VF係列純水機,有機物含量低於(yu) 10 ppb,采用全氧化法設計的TOC在線監測係統,在線監測TOC含量,符合ISPE製藥工程指南 / 美國藥典USP等標準對於(yu) TOC檢測的要求。

Q4:“釘子峰”如何避免?

“釘子峰”是A、T、C、G四個(ge) 顏色的峰都被突然拔起,形成的尖銳峰形。

原因: 溶液中可能存在氣泡或者顆粒,氣泡和顆粒對激光全反射,形成“釘子峰”。

純水應用Tips: 純水機取水口配備0.22μm的終端濾器,測序之前使用超聲波對超純水進行脫氣可以有效地防止“釘子峰”。

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